Phần I. MỞ ĐẦU 1

1.1. Đặt vấn đề 1

1.2. Mục tiêu 1

1.3. Yêu cầu của đề tài 2

1.4. Giới hạn của đề tài 2

Phần II. TỔNG QUAN TÀI LIỆU 3

2.1. Giới thiệu về nấm Rhizoctonia solani 3

2.1.1. Đặc điểm hình thái 3

2.1.2. Đặc điểm sinh lý 4

2.1.3. Đặc điểm nuôi cấy 4

2.2. Điều kiện phát sinh bệnh 4

2.3. Phạm vi ký chủ của nấm R. solani 5

2.4. Sự phân nhóm của nấm R. solani 6

2.5. Các phương pháp phân tử thường dùng để nghiên cứu sự đa dạng di truyền của nấm R. solani 8

2.5.1. Phương pháp PCR (Polymerase Chain Reaction) 8

2.5.1.1. Nguyên tắc của phương pháp PCR 8

2.5.1.2. Các thành phần cần thiết để thực hiện phản ứng PCR 8

2.5.1.3. Tiến hành phản ứng PCR 9

2.5.1.4. Các nhân tố ảnh hưởng đến phản ứng PCR 10

2.5.1.5. Lợi ích của phản ứng PCR 10

2.5.2. Phương pháp RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) 11

2.5.2.1. Restriction endonuclease 11

2.5.2.2. Nguyên tắc của phương pháp 11

2.5.2.2. Quy trình của phương pháp 11

2.6. Cơ sở khoa học của việc sử dụng đoạn rDNA-ITS trong nghiên cứu sự

đa dạng di truyền của nấm R. solani 12

2.6.1. Giới thiệu về vùng rDNA 12

2.6.2. Sử dụng vùng rDNA để nghiên cứu sự đa dạng di truyền 14

2.7. Một số nghiên cứu trong nước và ngoài nước về sự đa dạng của nấm R. solani 15

2.7.1. Nghiên cứu ngoài nước 15

2.7.2. Nghiên cứu trong nước 17

Phần III. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP TIẾN HÀNH 18

3.1. Thời gian và địa điểm 18

3.2. Nội dung nghiên cứu 18

3.3. Nguồn nấm Rhizoctonia solani 18

3.4. Phương pháp tiến hành 18

3.4.1. Phục hồi và nhân sinh khối nấm R. solani 18

3.4.2. Ly trích DNA tổng số (isolation of DNA) của nấm R. solani 19

3.4.3. Khuếch đại vùng rDNA-ITS của các dòng nấm R. solani 21

3.4.4. Điện di và đọc kết quả PCR trên gel agarose 22

3.4.5. Phân tích RFLP vùng rDNA-ITS của các dòng nấm R. solani 23

Phần IV. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 24

4.1. Ly trích DNA tổng số của nấm R. solani 24

4.2. Khuếch đại vùng rDNA-ITS thông qua phản ứng PCR 25

4.2.1. Lượng DNA khuôn 25

4.2.2. Khảo sát chu trình nhiệt 26

4.2.3. Khảo sát nồng độ primer 27

4.2.4. Kết quả khuếch đại vùng rDNA-ITS của nấm R. solani 28

4.3. Phân tích RFLP vùng rDNA-ITS của các dòng nấm R. solani 29

Phần V. KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 33

5.1 Kết luận 33

5.2. Đề nghị 33

Phần VI. TÀI LIỆU THAM KHẢO 34

Phần VII. PHỤ LỤC 3