Chƣơng 1 LỜI MỞ ĐẦU 1

1.1 Đặt vấn đề 1

1.2 Mục đích, yêu cầu 2

1.2.1 Mục đích 2

1.2.2 Yêu cầu 2

1.2.3 Hạn chế của đề tài 2

Chƣơng 2 TỔNG QUAN TÀI LIỆU 3

2.1 Một số khái niệm về đa dạng sinh học 3

2.1.1 Đa dạng sinh học 3

2.1.2 Đa dạng di truyền 3

2.1.3 Ý nghĩa của việc nghiên cứu đa dạng di truyền 4

2.2 Giới thiệu về khu dự trữ sinh quyển rừng ngập mặn Cần Giờ 4

2.2.1 Khu dự trữ sinh quyển rừng ngập mặn Cần Giờ 4

2.2.2 Cấu trúc của khu dự trữ rừng ngập măn Cần Giờ 8

2.2.3 Công tác quản lý khu dự trữ sinh quyển rừng ngập mặn Cần Giờ 9

2.3 Cây mắm biển11

2.3.1 Hình thái học 11

2.3.2 Nơi sống và sinh thái12

2.3.3 Phân bố 12

2.3.2. Quy trình ly trích DNA thực vật 13

2.4.1 Định lƣợng DNA bằng phƣơng pháp quang phổ 14

2.4.2 Định tính DNA ly trích bằng phƣơng pháp điện di 15

2.5 Các kỹ thuật đánh giá tính đa dạng di truyền16

2.5.1 Giới thiệu chung về tính đa dạng di truyền và chỉ thị phân tử 16

2.5.1.1 Chỉ thị hình thái 17

2.5.1.2. Chỉ thị isozyme 17

2.5.1.3 Chỉ thị phân tử – chỉ thị DNA 18

2.5.2 Kỹ thuật PCR 18

2.5.2.1 Nguyên lý kỹ thuật PCR 18

2.5.2.2 Quy trình chuẩn của phản ứng PCR19

2.5.2.3 Tối ƣu hoá phản ứng PCR 21

2.5.3 Kỹ Thuật RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphisms) 22

2.5.4. Kỹ thuật RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) 22

2.5.4.1 Ƣu điểm của kỹ thuật RAPD 25

2.5.4.2 Nhƣợc điểm của kỹ thuật RAPD 25

2.5.4.3 Ứng dụng của kỹ thuật RAPD 25

Chƣơng 3 VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP TIẾN HÀNH 27

3.1 Thời gian và địa điểm thực hiện 27

3.1.1 Thời gian nghiên cứu 27

3.1.2 Địa điểm thực hiện 27

3.2 Vật liệu thí nghiệm 27

3.3 Phƣơng pháp nghiên cứu 27

3.3.1 Vật liệu dùng trong ly trích DNA 27

3.3.2 Quy trình ly trích DNA 31

3.3.3 Kiểm tra kết quả ly trích DNA 33

3.3.4 Thực hiện kỹ thuật RAPD 34

3.3.4.1 Dụng cụ và hóa chất dung trong kỹ thuật RAPD34

3.3.4.2 Bố trí thí nghiệm 35

3.4 Phân tích kết quả bằng phần mềm NTSYS 38

Chƣơng 4 KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 40

4.1 Kết quả thu thập mẫu mắm tại rừng ngập mặn Cần Giờ 40

4.2 Bảo quản mẫu và hoàn thiện quy trình ly trích DNA 41

4.2.1 Bảo quản mẫu 41

4.2.2 Hoàn thiện quy trình ly trích 41

4.3 Kết quả chạy RAPD 43

4.3.1 Thí nghiệm 1: Sử dụng primer RAH8 với chu kỳ nhiệt 1 43

4.3.2 Thí nghiệm 2: Sử dụng primer 1 với chu kỳ ở Bảng 44

4.3.3 Thí nghiiệm 3 45

Chƣơng 5 KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 48

5.1.1 Kết luận 48

5.1.2 Đề nghị 48

TÀI LIỆU THAM KHẢO 50

PHỤ LỤC 52