Phần I Mở đầu

1.1. Đặt vấn đề 1

1.2. Mục đích 1

1.3. Yêu cầu 2

1.4. Giới hạn đề tài 2

Phần II Tổng quan tài liệu

2.1. Nấm Rhizoctonia solani 3

2.1.1. Vị trí phân loại 3

2.1.2. Đăc điểm hình thái của nấm Rhizoctonia solani 3

2.1.3. Đặc điểm sinh lí 3

2.1.4. Phổ kí chủ của nấm Rhizoctonia solani 4

2.1.5. Sự xâm nhiễm và khả năng gây bệnh 5

2.2. Phản ứng PCR (polymerase chain reaction) 5

2.2.1. Giới thiệu kĩ thuật PCR 5

2.2.2. Qui trình 5

2.2.2.1. Biến tính 5

2.2.2.2. Giai đoạn lai 6

2.2.2.3 giai đoạn kéo dài 6

2.2.3. Các thành phần ảnh hưởng đến phản ứng PCR 6

2.2.3.1. DNA khuôn (template) 6

2.2.3.2. Enzyme 7

2.2.3.3. Primer 7

2.2.3.4. Ion magnesium 8

2.2.4. Ứng dụng của kĩ thuật PCR 8

2.3. Đọc trình tự (sequencing) 9

2.3.1. Nguyên tắc cơ bản của kĩ thuật sequecing 9

2.3.2. Các phương pháp sequencing 9

2.3.2.1. Phương pháp Maxam và Gilbert (phương pháp hóa học) 9

2.3.2.2. Phương pháp đọc chuỗi mã Sanger 11

2.4. Vùng ITS (internal transcribed spacer) của rDNA 13

2.5. Các nghiên cứu trong và ngoài nước 14

2.5.1. Nghiên cứu trong nước 14

2.5.2. Nghiên cứu ngoài nước 14

Phần III Nội dung và phương pháp nghiên cứu

3.1.Thời gian và địa điểm nghiên cứu 16

3.2.Phương pháp 16

3.2.1. Lấy mẫu và phân lập 16

3.2.2. môi trường phân lập nà nuôi cấy 16

3.2.3. Nuôi thu sinh khối 17

3.2.4. Li trích DNA 17

3.2.5. Phản ứng PCR 18

3.2.6. Sequencing 19

Phần IV Kết quả vào thảo luận

4.1. Phân lập mẫu 21

4.2. Li trích DNA 22

4.3. Phản ứng PCR 24

4.4. Đọc trìmh tự 26

Phần V Kết luận và đề nghị

1. Kết luận 34

2. Đề nghị 34

Phần VI Tài liệu tham khảo

1. Tiếng Việt 35

2. Tiếng Anh 35

3. Internet 37

Phần VII Phụ lục

Phụ lục 1 38

Phụ lục 2 39

Phụ lục 3 40

Phụ lục 4 4