CHưƠNG I: GIỚI THIỆU .1

I.1 Đặt vấn đề .1

I.2 Mục tiêu đề tài 2

I.3 Yêu cầu của đề tài 2

I.4 Nội dung của đề tài 2

CHưƠNG II: TỔNG QUAN TÀI LIỆU .3

II.1 Tình hình nuôi tôm trên thế giới .3

II.1.1 Hiện trạng chung 3

II.1.2 Các hình thức nuôi .3

II.1.3 Tình hình dịch bệnh tôm trên thế giới .3

II.2 Tình hình nuôi tôm tại Việt Nam 4

II.2.1 Hiện trạng chung 4

II.2.2 Các mô hình nuôi tôm đang được áp dụng 5

II.2.3 Tình hình dịch bệnh tôm tại Việt Nam 5

II.3 Một số đặc điểm sinh học cơ bản của tôm sú và thẻ chân trắng .5

II.3.1 Vị trí phân loại của tôm sú P. monodon và tôm thẻ chân trắng P. vannamei 5

II.3.2 Đặc điểm phân bố của tôm sú và thẻ chân trắng .6

II.3.2.1 Đặc điểm phân bố của tôm sú .6

II.3.2.2 Đặc điểm phân bố của tôm thẻ chân trắng 7

II.3.3 Vòng đời phát triển của tôm sú và thẻ chân trắng .7

II.3.3.1 Vòng đời phát triển của tôm sú .7

II.3.3.2 Vòng đời phát triển của tôm thẻ chân trắng 7

II.3.4 Dinh dưỡng 7

II.3.4.1 Dinh dưỡng của tôm sú .7

II.3.4.2 Dinh dưỡng của tôm thẻ chân trắng 8

II.3.5 Các yếu tố môi trường tối ưu cho tôm sú và thẻ chân trắng phát triển .8

II.4 Bệnh đốm trắng (White spot desease – WSD) và bệnh Taura (Taura syndrome TS) 8

II.4.1 Bệnh đốm trắng WSD 8

II.4.1.1 Tác nhân gây bệnh 8

II.4.1.2 Dấu hiệu bệnh lý .11

II.4.1.3 Lịch sử phân bố và lan truyền bệnh 11

II.4.1.4 Phương pháp chẩn đoán bệnh .12

II.4.1.5 Phòng bệnh .12

II.4.2 Hội chứng Taura – TS (Taura syndrome) 12

II.4.2.1 Tác nhân gây bệnh 12

II.4.2.2 Dấu hiệu bệnh lý .13

II.4.2.3 Phân bố và lan truyền bệnh .14

II.4.2.4 Phương pháp chẩn đoán bệnh .14

II.4.2.5 Phòng và trị bệnh 14

II.5 PHưƠNG PHÁP IN SITU HYBRIDIZATION .14

II.5.1 Sơ lược về phương pháp In situ hybridization .14

II.5.2 Khái niệm về sự lai phân tử 15

II.5.3 Cơ sở của sự lai phân tử .16

II.5.3.1 Khái niệm về nhiệt độ nóng chảy của DNA .16

II.5.3.2 Các yếu tố ảnh hưởng đến nhiệt độ nóng chảy của DNA .16

II.5.4 Các yếu tố ảnh hưởng đến sự lai phân tử .17

II.5.5 Probe 17

II.5.5.1 Khái niệm 17

II.5.5.2 Các loại probe 18

II.5.5.3 Các phương pháp đánh dấu probe .18

II.5.5.4 Các tác nhân đánh dấu probe và cách phát hiện các phân tử lai .19

II.5.6 Các phương pháp lai tại chỗ ISH .23

II.5.6.1 Lai trên khuẩn lạc .23

II.5.6.2 Lai trên nhiễm sắc thể 23

II.5.6.3 Lai trên tế bào và mô 24

II.5.7 Ứng dụng chủ yếu của ISH 25

II.5.8 Một số nghiên cứu trước đây về bệnh đốm trắng, bệnh Taura và ứng dụng

phương pháp ISH trong chẩn đoán mầm bệnh vật nuôi thủy sản 25

II.5.8.1 Một số nghiên cứu trước đây về bệnh đốm trắng và Taura 25

II.5.8.2 Ứng dụng phương pháp ISH trong chẩn đoán mầm bệnh trên động vật nuôi thủy sản 26

II.5.9 Xu hướng phát triển của phương pháp này 26

CHưƠNG III: VẬT LIỆU VÀ PHưƠNG PHÁP TIẾN HÀNH THÍ NGHIỆM 27

III.1 Thời gian và địa điểm thí nghiệm 27

III.2 Vật liệu sinh học 27

III.3 Hóa chất thí nghiệm .27

III.3.1 Hóa chất có sẵn trong bộ kit chẩn đoán DiagXotics của Mỹ .27

III.3.2 Hóa chất cần thiết nhưng không có trong bộ kit chẩn đoán .28

III.4 Thiết bị và dụng cụ thí nghiệm 28

III.4.1 Thiết bị thí nghiệm .28

III.4.2 Dụng cụ thí nghiệm 29

III.5 Phương pháp tiến hành thí nghiệm theo quy trình của bộ kit .29

III.5.1 Chuẩn bị hóa chất .29

III.5.2 Chuẩn bị mẫu 30

III.5.2.1 Cố định mẫu 30

III.5.2.2 Cách xử lý mẫu 30

III.5.2.3 Đúc mẫu trong paraffin .31

III.5.2.4 Cắt mẫu 31

III.5.3 Quy trình chẩn đoán theo bộ kit .31

III.5.3.1 Ngày thứ nhất 31

III.5.3.2 Ngày thứ hai 32

III.6 Phương pháp nghiên cứu .34

III.6.1 Phương pháp thu mẫu .34

III.6.2 Bố trí thí nghiệm .34

III.6.2.1 Phương pháp ISH để chẩn đoán virus Taura TSV trên tôm thẻ chân trắng Penaeus vannamei .35

III.6.2.2 Phương pháp ISH để chẩn đoán virus đốm trắng WSSV trên tôm sú Penaeus monodon 36

III.6.2.3 Bố trí thí nghiệm so sánh giữa phương pháp ISH với mô học và PCR .39

CHưƠNG IV: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN .41

IV.1 Kết quả trên tôm thẻ chân trắng P. vannamei .41

IV.1.1Thí nghiệm thử nghiệm khả năng phát hiện TSV bằng phương pháp ISH .41

IV.1.2 Kết quả thí nghiệm ổn định phương pháp ISH trên P. vannamei .43

IV.1.2.1 Kết quả thí nghiệm tìm nhiệt độ biến tính mẫu tối ưu khi lai .43

IV.1.2.2 Kết quả thí nghiệm xác định thời gian cắt thích hợp với Proteinase K .46

IV.1.2.3 Kết quả thí nghiệm tìm thể tích dung dịch lai thích hợp .49

IV.2 Kết quả trên tôm sú P. monodon .52

IV.2.1 Kết quả thí nghiệm theo quy trình bộ kit để ổn định phương pháp 52

IV.2.2 Kết quả ứng dụng bộ kit để tìm quy trình ISH tối ưu cho WSSV áp dụng trong phòng thí nghiệm .54

IV.2.2.1 Kết quả thí nghiệm theo đúng quy trình của bộ kit nhưng có thay đổi một số hóa chất thông dụng không có trong bộ

kit .54

IV.2.2.2 Trường hợp xử lý mẫu nhanh 56

IV.2.2.3 Trường hợp biến tính mẫu và probe trước khi lai .59

IV.2.2.4 Trường hợp kết hợp quy trình xử lý mẫu nhanh với biến tính mẫu và probe trước khi lai 61

IV.3 Kết quả thí nghiệm so sánh giữa ISH với mô học và PCR .65

IV.3.1 Kết quả trên Penaeus vannamei .65

IV.3.1.1 Kết quả trên tôm postlarvae 65

IV.3.1.2 Kết quả trên tôm thương phẩm 66

IV.3.2 Kết quả trên Penaeus monodon 68

IV.3.2.1 Đối tôm postlarvae 69

IV.3.2.2 Đối với tôm thương phẩm .70

IV.5 Nhận xét chung 73

IV.6 Những thuận lợi và khó khăn 74

IV.6.1 Thuận lợi 74

IV.6.2 Khó khăn 74

IV.7 ưu nhược điểm của phương pháp In situ hybridization 75

IV.7.1 ưu điểm .75

IV.7.2 Nhược điểm .75

CHưƠNG V: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ .76

V.1 Kết luận .76

V.1.1 Phương pháp In Situ hybridization trong chẩn đoán mầm bệnh do TSV trên P. vannamei 76

V.1.2 Phương pháp In Situ hybridization trong chẩn đoán mầm bệnh do WSSV trên P. monodon 76

V.2 Đề nghị 77

CHưƠNG VI: TÀI LIỆU THAM KHẢO 79