Chƣơng 1. MỞ ĐẦU 1

1.1. Đặt vấn đề 1

1.2. Mục tiêu đề tài 2

1.3. Nội dung đề tài 2

Chƣơng 2. TỔNG QUAN 3

2.1. Tình hình nghiên cứu định danh các loài cá 3

2.1.1. Nghiên cứu thế giới 3

2.1.2. Nghiên cứu trong nƣớc 4

2.2. Phƣơng pháp định danh hình thái định loại một số loài cá bột và cá con thuộc họ Pangasiidae 5

2.3. Phƣơng pháp sinh học phân tử ứng dụng định loại một số loài cá 8

2.3.1. Phƣơng pháp RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) 8

2.3.2. Phƣơng pháp RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) 8

2.3.3. Phƣơng pháp AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) 8

2.3.4. Phân tích DNA ty thể (mtDNA) 9

2.3.5. Phƣơng pháp PCR11

2.3.6. Phƣơng pháp giải trình tự bằng hệ thống sắc ký tự động 12

Chƣơng 3. VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP 13

3.1. Thời gian và địa điểm thực hiện 13

3.2. Vật liệu 13

3.2.1. Mẫu cá13

3.2.2. Hóa chất 13

3.2.4. Thiết bị và dụng cụ 14

3.3. Phƣơng pháp 15

3.3.1. Phƣơng pháp thu và định danh hình thái mẫu cá bột 15

3.3.2. Phƣơng pháp tách chiết mtDNA bằng phenol-chloroform16

3.3.3. Phƣơng pháp PCR khuếch đại vùng 16S trên mtDNA 16

3.3.4. Phƣơng pháp điện di acid nucleotide trên gel agarose 17

3.3.5. Phƣơng pháp giải trình tự 18

3.3.6. Phƣơng pháp so sánh các trình tự 18

3.4. Bố trí thí nghiệm 18

3.4.1. Định danh phân loại bằng hình thái các loài cá bột thuộc họ Pangasiidae 18

3.4.1.1. Giai đoạn định tính 18

3.4.1.2. Giai đoạn định lƣợng 20

3.4.2. Ghi nhận các điểm đặc trƣng của cá bột trƣớc khi phân tích DNA 21

3.4.3. Xác định và phân tích vùng 16S rRNA trên mtDNA 22

Chƣơng 4. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 23

4.1. Kết quả định danh phân loại bằng hình thái các loài cá bột thuộc họ Pangasiidae 23

4.1.1. Kết quả hình thái phân loại 23

4.1.2. Kết quả giai đoạn định tính 25

4.1.2.1. Phân tích mẫu xuất hiện họ Pangasiidae so với tổng mẫu thu đƣợc năm 2006 25

4.1.2.2. Phân tích mẫu xuất hiện loài nghiên cứu so với tổng mẫu Pangasiidae 27

4.1.3. Kết quả giai đoạn định lƣợng 29

4.1.3.1. Tỉ lệ số lƣợng cá thể của 3 loài cá phân tích và các loài khác 29

4.1.2.4. Tỉ lệ số lƣợng cá thể của mỗi loài cá phân tích so với tổng lƣợng cá thể họ Pangasiidae 1

4.2. Ghi nhận các điểm đặc trƣng của cá bột trƣớc khi phân tích DNA 33

4.3. Xác định và phân tích vùng 16S rRNA trên mtDNA 34

4.3.1. Nhân dòng vùng gen mã hóa 16S rRNA 34

4.3.2. Phân tích trình tự vùng 16S rRNA trên mtDNA của các mẫu cá 38

4.3.2.1. Định danh 9 mẫu thuộc loài P. macronema 38

4.3.2.2. Định danh 9 mẫu thuộc loài P. hypophthalmus 40

4.3.2.3. Định danh 8 mẫu thuộc loài P. larnaudii. 42

Chƣơng 5. KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 44

5.1. Kết luận 44

5.2. Tồn tại 45

5.3. Đề xuất 45

TÀI LIỆU THAM KHẢO 46

PHỤ LỤC 5