Chƣơng 1 1

MỞ ĐẦU 1

1.1 Đặt vấn đề

1.2.Mục tiêu của khóa luận

Chƣơng 2 3

TỔNG QUAN TÀI LIỆU 3

2.1 Giớ thiệu về chi cam chanh 3

2.1.1 Vị trí phân lọai 3

2.1.2 Đặc điểm 4

2.1.3 Sâu hại và bệnh tật 6

2.2 EST 7

2.3.1 Sơ lƣợc về EST 7

2.3.2 Nguồn gốc của EST 7

2.3.Sơ lƣợc về phƣơng pháp Microsatellite (SSR) 8

2.3.1Những khái niệm về kỹ thuật microsatellite 8

2.3.2 Giới thiệu chung 9

2.3.2.1 Tính chất 9

2.3.2.2 Khuếch đại của microsatellites 10

2.3.2.3 Những giới hạn của microsatellite 11

2.3.3 Các loại microsatellite 12

2.3.4 Cơ chế hình thành microsatellite 12

2.3.5 Vai trò của microsatellite 13

2.4 Phƣơng pháp xác định microsatellite truyền thống 15

2.5 Phƣơng pháp phát hiện microsatellite sử dụng 16

2.6 Ứng dụng 18

2.7 Cơ sở dữ liệu sinh học 18

2.7.1 NCBI 19

2.7.1.1 Vài nét về NCBI 19

3.1.1.2 Một số cơ sở dữ liệu trong NCBI 19

Chƣơng 3 20

VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP 20

3.1 Các chƣơng trình và ngôn ngữ lập trình đƣợc sử dụng 20

3.1.1 Hệ điều hành 20

3.1.2 Các chƣơng trình phân tích trình tự 20

3.1.2.1 Chương trình Perl ssrfinder_1 20

3.1.2.2 Chƣơng trình tìm kiếm các trình tự tƣơng đồng – BLAST 22

3.1.2.3 Hệ quả trị CSDL quan hệ Microsoft ACEESS 23

3.1.2.4 Egassembler 23

3.1.3 Apache web Server 24

3.4 CÁC BƢỚC TIẾN HÀNH 25

Chƣơng 4 37

KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 37

4.1 Thu thập trình tự ESTs Citrus từ CSDL dbEST 37

4.2 Loại các dữ liệu nhiễu và dƣ bằng công cụ EGassembler bao gồm các bƣớc sau:

4.2.1 Làm sạch trình tự 38

4.2.2 Dấu những vùng trình tự nhiễu của vector và adaptors 39

4.2.3 Dấu những vùng trình tự nhiễu của các bào quan 39

4.3 Assembling 41

4.4 Tìm SSR: bằng SSRFinder v1.0 của Steven Schroeder 42

4.4.1 BLASTn: 43

4.5.Thiết kế và kiểm tra primer 45

4.6 tBLASTx 48

4.7. Đƣa tất cả các dữ liệu này vào CSDL quan hệ Microsoft ACCESS để dễ dàng truy xuất thông tin. 49

4.8 Tích hợp CSDL vừa xây dựng vào web thông qua Apache Server để chia sẽ thông tin qua mạng. 49

4.8.1 Trang chủ (HOME PAGE) 49

4.8.2 Trang cơ sở dữ liệu SSRs (SSRs PAGE) 50

Chƣơng5 52

KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 52

5.1. Kết luận 52

5.2. Đề nghị 53

TÀI LIỆU THAM KHẢO 54

Phụ Lục 57