Phần 1. LỜI MỞ ĐẦU 1

Phần 2. TỔNG QUAN TÀI LIỆU 4

2.1. SƠ LưỢC VỀ CƠ SỞ DỮ LIỆU 4

2.1.1. Định nghĩa 4

2.1.2. Hệ quản trị CSDL .4

2.1.3. Các mô hình dữ liệu 5

2.1.3.1. Định nghĩa 5

2.1.3.2. So sánh các mô hình dữ liệu 5

2.2. NGÔN NGỮ LẬP TRÌNH PERL, MẠNG INTERNET VÀ WEB 6

2.2.1. Perl 6

2.2.1.1. Tóm tắt lịch sử phát triển 6

2.2.1.2. Ứng dụng 7

2.2.1.3. Một số module của Perl thường được sử dụng .7

2.2.2. Giới thiệu về mạng Internet .8

2.2.2.1. Tóm lược lịch sử phát triển .8

2.2.2.2. Một số khái niệm 9

2.2.3. Web .9

2.2.3.1. Tóm lượt lịch sử phát triển .9

2.2.3.2. Tích hợp CSDL với web dùng CGI 10

2.3. CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH HỌC .11

2.3.1. NCBI .11

2.3.1.1. Vài nét về NCBI .11

2.3.1.2. Một số cơ sở dữ liệu trong NCBI 11

2.3.1.3. Một số công cụ trong NCBI 12

2.3.2. EBI 13

2.3.2.1. Vài nét về EBI .13

2.3.2.2. Một số cơ sở dữ liệu trong EBI .13

2.3.2.3. Một số công cụ hỗ trợ phân tích trình tự sinh học 14

2.3.3. SIB .15

2.3.4. DDJB và PDBj 15

2.4. VIRUS CAULIMOVIRIDAE VÀ CLOSTEROVIRIDAE .18

2.4.1. CAULIMOVIRIDAE .19

2.4.1.1. Khái quát 19

2.4.1.2. Cấu tạo .20

2.4.1.3. Đặc tính sinh học .20

2.4.1.4. Cơ chế xâm nhiễm và sao mã trong tế bào ký chủ 20

2.4.2. CLOSTEROVIRIDAE .21

2.4.2.1. Khái quát 21

2.4.2.2. Cấu tạo .21

2.4.2.3. Cơ chế xâm nhiễm và sao mã trong tế bào ký chủ 22

2.5. Gene Hsp-70 và Reverse transcriptase-RNaseH 23

2.5.1. Gene Reverse transciptase-RNaseH .23

2.5.2.1. Vị trí gene RT-RNaseH nằm trong genome 23

2.5.2.2. Chức năng của protein .23

2.5.2. Gene hsp-70 24

2.5.1.1. Vị trí gene hsp-70 nằm trong genome .24

2.5.1.2. Chức năng 24

PHẦN 3. PHưƠNG PHÁP VÀ CHưƠNG TRÌNH SỬ DỤNG .25

3.1. Các chương trình và ngôn ngữ lập trình được sử dụng 25

3.1.1. Hệ điều hành .25

3.1.2. Các chương trình phân tích trình tự .25

3.1.2.1. Chương trình so sánh trình tự ClustalW 25

3.1.2.2. Chương trình tìm kiếm các trình tự tương đồng – BLAST .25

3.1.2.3. Hệ quả trị CSDL quan hệ MySQL 26

3.1.2.4. Apache web Server 27

3.1.2.5. Ngôn ngữ lập trình Perl và các gói sử dụng 27

3.2. Phương pháp .28

3.2.1. Thu nhận trình tự 28

3.2.2. Xác định gene và protein trong bộ gene virus 29

3.2.3. Thiết kế CSDL trình tự gene và protein hsp-70 và RT-RNaseH 32

3.2.3.1. Phân tích dữ liệu 32

3.2.3.2. Thiết kế CSDL dạng bảng .34

3.2.3.3. Lưu trữ các thông tin vào CSDL .35

3.2.4. Tích hợp CSDL gene hsp-70 và RT-RNaseH với trang Web 37

Phần 4. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN .39

4.1. Kết quả thu nhận trình tự của hai họ Closteroviridae và Caulimoviridae 39

4.2. Kết quả thu nhận trình tự hai gene hsp-70 vàReverse transcriptase-RNaseH .41

4.3. CSDL trình tự gene hsp-70 và RT-RNaseH 42

4.4. Trang web thể hiện thông tin CSDL gene hsp-70 và RT-RNaseH .46

4.4.1. Trang thông tin chung về CSDL gene hsp-70 và RT-RNaseH 47

4.4.2. Trang tìm kiếm 47

4.4.3. Trang công cụ 49

4.4.4. Trang cây phân loài .52

4.4.4.1. Trang Caulimoviridae .52

4.4.4.2. Trang Closteroviridae .54

4.4.5. Trang liên kết .54

4.4.6. Trang thông tin về bộ môn công nghệ sinh học 54

PHẦN 5. KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ .55

4.1. KẾT LUẬN 55

4.2. ĐỀ NGHỊ .55

PHẦN 6. TÀI LIỆU THAM KHẢO 57

PHỤ LỤC .5