TÓM TẮT

LÊ TUẤN KIỆT, Đại học Nông Lâm thành phố Hồ Chí Minh , tháng 9/2005.

“BƯỚC ĐẦU ĐỌC TRÌNH TỰ VÙNG rDNA-ITS CỦA NẤM Rhizoctonia solani KUHN”.

Giáo viên hướng dẫn

Th.S. TỪ THỊ MỸ THUẬN

Đề tài được thực hiện trên nấm Rhizoctonia solani. Đây là nấm có thể gây bệnh trên nhiều loại cây trồng khác nhau., ảnh hưởng rất lớn đến năng suất của cây trồng. Chúng tôi bước đầu đọc trình tự vùng rDNA-ITS của nấm này để bổ sung them thong tin về quần thể nấm này ở nước ta làm cơ sở cho việc phát triển các chương trình lai tạo thích hợp cho các vùng sinh thái riêng biệt. Đề tài được thực hiện tại phòng Bệnh cây khoa Nộng Học và Trung Tâm Phân Tích Thí Nghiệm trường Đại học Nông Lâm, Tp. Hồ Chí Minh, từ 01/03/2005 đến 30/08/2005.

Nội dung nghiên cứu

Thu thập các mẫu thực vật bệnh ở nhiều tỉnh và phân lập nấm R. solani.

Nuôi cấy sinh khối các dòng nấm đã phân lập được.

Li trích DNA các dòng nấm trên.

Tiến hành phản ứng PCR với DNA vừa li trích trên vùng ITS của rDNA sử dụng hai mồi (primer) ITS4 và ITS5.

Đọc trình tự vùng rDNA – ITS với hai primer ITS1 và ITS4.

Kết quả thu đư ợc

Thu thập và phân lập được 20 dòng nấm Rhizoctonia solani từ nhiều mẫu thực vật bệnh do nấm này gây ra.

Cải thiện được qui trình li trích DNA của nấm R. solani bằng cách thêm một khâu khử protein. DNA tổng số thu được có thể sử dụng cho phản ứng PCR mà không cần xử lí Rnase cho 20 dòng nấm này.

Chọn được thành phần phản ứng PCR để khuếch đại thành công vùng rDNA-ITS của nấm R. solani.

Bước đầu đã đọc được trình tự vùng rDNA-ITS của 2 dòng nấm R. Solani là BV-62-03 và SR-650.

Mục lục

Lời cảm tạ iii

Tóm tắt iv

Mục lục v

Mục viết tắt viii

Danh sách các bảng ix

Phần I Mở đầu

1.1. Đặt vấn đề 1

1.2. Mục đích 1

1.3. Yêu cầu 2

1.4. Giới hạn đề tài 2

Phần II Tổng quan tài liệu

2.1. Nấm Rhizoctonia solani 3

2.1.1. Vị trí phân loại 3

2.1.2. Đăc điểm hình thái của nấm Rhizoctonia solani 3

2.1.3. Đặc điểm sinh lí 3

2.1.4. Phổ kí chủ của nấm Rhizoctonia solani 4

2.1.5. Sự xâm nhiễm và khả năng gây bệnh 5

2.2. Phản ứng PCR (polymerase chain reaction) 5

2.2.1. Giới thiệu kĩ thuật PCR 5

2.2.2. Qui trình 5

2.2.2.1. Biến tính 5

2.2.2.2. Giai đoạn lai 6

2.2.2.3 giai đoạn kéo dài 6

2.2.3. Các thành phần ảnh hưởng đến phản ứng PCR 6

2.2.3.1. DNA khuôn (template) 6

2.2.3.2. Enzyme 7

2.2.3.3. Primer 7

2.2.3.4. Ion magnesium 8

2.2.4. Ứng dụng của kĩ thuật PCR 8

2.3. Đọc trình tự (sequencing) 9

2.3.1. Nguyên tắc cơ bản của kĩ thuật sequecing 9

2.3.2. Các phương pháp sequencing 9

2.3.2.1. Phương pháp Maxam và Gilbert (phương pháp hóa học) 9

2.3.2.2. Phương pháp đọc chuỗi mã Sanger 11

2.4. Vùng ITS (internal transcribed spacer) của rDNA 13

2.5. Các nghiên cứu trong và ngoài nước 14

2.5.1. Nghiên cứu trong nước 14

2.5.2. Nghiên cứu ngoài nước 14

Phần III Nội dung và phương pháp nghiên cứu

3.1.Thời gian và địa điểm nghiên cứu 16

3.2.Phương pháp 16

3.2.1. Lấy mẫu và phân lập 16

3.2.2. môi trường phân lập nà nuôi cấy 16

3.2.3. Nuôi thu sinh khối 17

3.2.4. Li trích DNA 17

3.2.5. Phản ứng PCR 18

3.2.6. Sequencing 19

Phần IV Kết quả vào thảo luận

4.1. Phân lập mẫu 21

4.2. Li trích DNA 22

4.3. Phản ứng PCR 24

4.4. Đọc trìmh tự 26

Phần V Kết luận và đề nghị

1. Kết luận 34

2. Đề nghị 34

Phần VI Tài liệu tham khảo

1. Tiếng Việt 35

2. Tiếng Anh 35

3. Internet 37

Phần VII Phụ lục

Phụ lục 1 38

Phụ lục 2 39

Phụ lục 3 40

Phụ lục 4 41

Các mục viết tắt

DNA : deoxynucleic acid

PCR : polymerase chain reaction

RFLP Restriction fragment length polymorphism

ITS : internal transcribed spacer

PGA : potato glucose agar

PDA : potato dextrose agar

PGB : potato glucose broth

dNTP: deoxynucleotide triphophate

A : Adenine

T : Thiamine

G : Guanine

C :Cytosine

Mg2+ : ion magnesium

RAPD : Random amplified polymorphism DNA

RE : Restriction Endonuclease

M : methylase

Nu : nucleotide

U : unit (đơn vị quốc tế)

µl : microlit

ng : nanogram

pmol : picomol

ctv: cộng tác viên

“BƯỚC ĐẦU ĐỌC TRÌNH TỰ VÙNG rDNA-ITS CỦA NẤM Rhizoctonia solani KUHN”.