Bước đột phá đầu tiên đối với các enzyme thu nhận từ vi sinh vật ứng dụng trong công nghiệp thực phẩm bắt đầu từ những năm đầu của thập kỷ 60 khi glucoamylase được đưa ra giới thiệu. Từ đó, gần như toàn bộ việc sản xuất sản phẩm đường glucose đã được thực hiện theo con đường thuỷ phân nhờ enzyme thay thế thuỷ phân bằng acid theo truyền thống đã dùng.

Từ năm 1973, công nghiệp chế biến tinh bột đã phát triển và đã trở thành một thị trường lớn nhất sử dụng enzyme sau công nghiệp chất tẩy rửa. Thuỷ phân nhờ enzyme được dùng để tạo các loại sirô qua các bước dịch hoá, đường hoá và isomer hoá.

Một thị trường to lớn khác sử dụng enzyme là công nghiệp bánh nướng. Các enzyme bổ sung được cho thêm vào bột nhào để nâng cao chất lượng bánh mỳ về sự đồng đều của cấu trúc ruột bánh và thể tích bánh lớn hơn. Một số enzyme đặc biệt cũng kéo dài thời hạn sử dụng bánh mỳ bằng cách bảo toàn độ tươi của bánh lâu hơn