Chƣơng 1 0

MỞ ĐẦU 0

1.1. Đặt vấn đề 0

1.2. Mục đích 0

1.3. Yêu cầu 0

Chƣơng 2 2

TỔNG QUAN TÀI LIỆU 2

2.1. Giới thiệu về nấm Trichoderma 2

2.1.1. Phân loại2

2.1.2. Nguồn gốc 2

2.1.3. Đặc điểm hình thái 3

2.1.4. Đặc điểm sinh lý, sinh hóa, sinh học 4

2.1.5. Cơ chế đối kháng với nấm gây bệnh cây trồng 4

2.2. Cấu tạo tế bào Trichoderma 6

2.3. Các phƣơng pháp định danh tên loài nấm Trichoderma 7

2.4. Giới thiệu về vùng rDNA và vùng ITS – rDNA 9

2.5. Giới thiệu về vùng tef1 10

2.6. Phƣơng pháp định lƣợng nồng độ DNA bằng phân tử Mass 10

2.7. Các nghiên cứu có liên quan đến Trichoderma và vùng rDNA 11

2.8. Các nghiên cứu có liên quan đến định danh và phân nhóm Trichoderma 13

Chƣơng 3 15

VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP 15

3.1. Thời gian, địa điểm, đối tƣợng nghiên cứu 15

3.1.1. Thời gian và địa điểm nghiên cứu 15

3.1.2. Đối tƣợng nghiên cứu 15

3.2. Hoá chất 16

3.3. Dụng cụ và thiết bị 17

3.4. Phục hồi các dòng Trichoderma. 17

3.5. Nhân và thu sinh khối Trichoderma 17

3.6. Ly trích DNA tổng số Trichoderma 18

3.7. Kiểm tra kết quả ly trích và pha loãng DNA 18

3.8. Phản ứng PCR 19

3.9. Đánh giá kết quả PCR 21

3.10. Định danh tên loài các dòng Trichoderma 22

3.11. Phân nhóm tạo phổ hệ di truyền 24

3.12. Xác định mối quan hệ di truyền 11 dòng Trichoderma Việt Nam với dữ liệu

của chúng ở các vùng sinh thái, địa lý khác nhau trên thế giới 24

Chƣơng 4 25

KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 25

4.1. Kết quả ly trích DNA 25

4.2. Kết quả PCR khuếch đại vùng ITS – rDNA và một phần vùng tef1 26

4.3. Kết quả định danh tên loài 27

4.4. Kết quả phân nhóm tạo phổ hệ di truyền 35

4.4.1. Kết quả phân nhóm từ trình tự vùng ITS – rDNA và một phần vùng tef1 35

4.4.2. Kết quả phân nhóm từ trình tự vùng ITS1, 5.8S và ITS2 – rDNA 37

4.5. So sánh vùng ITS1 và ITS2 – rDNA với dữ liệu của chúng trên NCBI39

4.6. Xác định mối quan hệ di truyền của vùng ITS – rDNA và một phần vùng tef1 với dữ liệu của chúng trên thế giới 41 Chƣơng 5 44

KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 44

5.1. Kết luận 44

5.2. Đề nghị 44

TÀI LIỆU THAM KHẢO

PHỤ LỤC