Quán triệt đường lối đổi mới sâu sắc và toàn diện do đại hội Đảng toàn quốc lần thứ VI đề ra, năm 1988, Nhà nước thực hiện chủ trương cải cách đổi mới hệ thống ngân hàng Việt Nam, chuyển từ hệ thống ngân hàng một cấp sang hệ thống ngân hàng hai cấp, gồm: hệ thống NHNN thực hiện quản lý chung các hoạt động tài chính, tiền tệ, tín dụng, ngân hàng và phát hành tiền; và hệ thống các NHTM thực hiện chức năng kinh doanh, tiền tệ, tín dụng, ngân hàng với chế độ hạch toán độc lập dưới sự quản lý của NHNN.

Trên cơ sở Vụ Tín dụng Công nghiệp và Vụ Tín dụng Thương nghiệp của NHNN Việt Nam, nhằm thực hiện Nghị quyết 3 khoá VI của Ban chấp hành Trung ương Đảng và Nghị định số 53/HĐBT ngày 26/03/1988 của Hội đồng Bộ trưởng, ngày 01/07/1988 Ngân hàng chuyên doanh Công thương Việt Nam chính thức ra đời và hoạt động. Đến ngày 14/01/1990 Ngân hàng chuyên doanh Công thương Việt Nam được chuyển thành Ngân hàng Công thương Việt Nam theo quyết định số 402/CT của Hội đồng Bộ trưởng và đến ngày 21/09/1996 được thành lập lại theo mô hình Tổng công ty nhà nước theo quyết định số 285/QĐ-NH5 của Thống đốc NHNN Việt Nam, được xếp hạng là một trong 23 doanh nghiệp đặc biệt.

Thực hiện chủ trương cổ phần hoá doanh nghiệp của Đảng, Nhà nước và Chính phủ, ngày 25/12/2008, NHCTVN đã thực hiện thành công việc phát hành cổ phiếu lần đầu ra công chúng. Ngân hàng Công thương Việt nam chính thức chuyển sang mô hình ngân hàng cổ phần vào ngày 03/07/2009 và sau khi niêm yết cổ phiếu trên Sàn chứng khoán TP Hồ Chí Minh ngày 16/07/2009 đã kế thừa các quyền và nghĩa vụ của NHCTVN theo quy định của pháp luật.

NHCTVN thực hiện cổ phần hoá theo hình thức giữ nguyên phần vốn Nhà nước hiện có (cổ đông nhà nước chiếm 89,23%) và phát hành thêm cổ phần mới để huy động vốn trong quá trình hoạt động kinh doanh. Là kết quả của quá trình cổ phần hoá, tại thời điểm xác định giá trị doanh nghiệp (ngày 31/12/2007), tổng tài sản NHCTVN chiếm khoảng 10% tổng tài sản của hệ thống ngân hàng Việt Nam. Nguồn vốn huy động tăng trưởng liên tục qua các năm, tốc độ tăng trưởng bình quân năm 36 %/năm. Đến thời điểm cuối năm 2007, tổng nguồn huy động của NHCT là 149.296 tỷ đồng, tăng 18% so với năm 2006 và chiếm 12% thị phần tổng nguồn vốn của toàn ngành ngân hàng. Vốn điều lệ của NHCTVN trước thời điểm cổ phần hoá (30/9/2008) là 7.626 tỷ đồng và theo quyết định 2604/QĐ-NHNN của Thống đốc Ngân hàng Nhà nước về công bố giá trị doanh nghiệp, mức vốn điều lệ của NHCTVN sau quá trình cổ phần hoá là 11.253 tỷ đồng. Hiện tại NHCTVN được quản lý bởi Hội đồng quản trị, điều hành bởi Ban điều hành, với mạng lưới rộng khắp trên toàn quốc là các chi nhánh thành viên hạch toán phụ thuộc .