Vấn đề quản lý nhà nước trong lĩnh vực cơ sở hạ tầng đã được Đảng và Nhà nước hết sức quan tâm và đang là hướng ưu tiên của cải cách quản lý để hoàn thiện. Bộ máy quản lý Nhà nước về đầu tư xây dựng cơ bản trong đó có đầu tư cơ sở hạ tầng đã được hình thành từ Trung ương đến cơ sở, sự phối hợp giữa các cơ quan quản lý ngày càng chặt chẽ, hệ thống văn bản pháp lý để quản lý xây dựng cơ bản ngày càng đầy đủ hơn, hiệu lực và hòan thiện hơn. Tuy nhiên bên cạnh những thành tựu đã đạt được, hoạt động quản lý Nhà nước trong lĩnh vực cơ sở hạ tầng còn nhiều vấn đề bất cập, yếu kém cần phải khắc phục, đó là: Bộ máy hành chính còn cồng kềnh kém hiệu quả, gây nhiều thất thoát, lãng phí. Chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của các cơ quan này còn chồng chéo, nhân lực vừa thiếu vừa yếu, chưa phát huy tác dụng quản lý một cách hiệu quả cao. Hệ thống văn bản pháp quy trong quản lý nhà nước đối với lĩnh vực cơ sở hạ tầng chưa chặt chẽ, thường xuyên thay đổi trùng lặp mâu thuẫn giữa các văn bản dẫn đến khó thực hiện và do đó hạn chế đến việc phát triển cơ sở hạ tầng và thu hút đầu tư. Quản lý chương trình dự án còn nhiều bất cập, chưa có quy hoạch tổng thể, dài hạn chủ yếu vẫn chỉ là manh mún, tuỳ tiện. Trình độ quản lý của đội ngũ công chức còn nhiều hạn chế kể cả về lý luận cũng như thực tiễn quản lý Nhà nước trong lĩnh vực cơ sở hạ tầng. Việc phát triển cơ sở hạ tầng trong thời gian qua chưa tương xứng với yêu cầu phát triển của các thành phố du lịch vì thế gây nhiều khó khăn trong thu hút đầu tư, công tác quy hoạch đền bù giải phóng mặt bằng, lập dự án, quản lý chất lượng công trình, giải ngân và thanh quyết toán.