Trước sự hội nhập của nền kinh tế, triển khai nền ngoại thương và các hoạt động đầu tư nước ngoài đang được đẩy mạnh đòi hỏi ngành Hải quan phải trở thành một tổ chức hiện đại, có thể đưa vào triển khai những hình thức quản lý, thực hiện công việc tốt nhất, đáp ứng được nhu cầu hợp pháp của doanh nghiệp và công chúng. Nhưng xuất phát điểm ngành Hải quan còn quá thấp so với các quốc gia trên thế do đó cấp thiết đòi hỏi sự hội nhập nhanh chóng của Hải quan Việt Nam để đáp ứng được nhu cầu nội tại của nền kinh tế.

Cụ thể hơn nữa, trong điều kiện hội nhập kinh tế quốc tế hiện nay, việc tham gia WTO, trở thành thành viên của tổ chức có tầm toàn cầu trong thương mại này đã ảnh hưởng lớn đến Hải quan Việt Nam với cam kết ràng buộc về thuế quan. Bên cạnh đó là các quy định về thuế nhập khẩu trong APEC, các vấn đề về thuế trong ASEAN yêu cầu một lộ trình cắt giảm thuế cụ thể và thuế nhập khẩu trong hiệp định thương mại Việt Nam - Hoa Kì. Trước tất cả những tác động khách quan đó, thì sự hội nhập Hải quan Việt Nam là một điều tất yếu và cần thiết.

Không chỉ các vấn đề về thuế, một loại các vấn đề khác như vấn đề đầu tư, bảo hộ quyền sở hữu trí tuệ cũng đều là các vấn đề có liên quan trực tiếp tới Hải quan đòi hỏi ngành Hải quan phải có sự cải cách nhanh chóng để không làm cản trở sự phát triển của các lĩnh vực đó. Để thấy rõ được tính tất yếu của sự hội nhập trong lĩnh vực Hải quan ta cần có sự nghiên cứu sâu hơn về toàn bộ tiến trình hội nhập đồng thời cũng đòi hỏi một cái nhìn tổng quan về toàn bộ tiến trình