Năm 1945 được coi là năm đánh dấu mốc quan trọng đầu tiên cho lịch sử Đông Nam Á từ nửa cuối của thế kỷ XX, mở đầu cho những sự kiện quan trọng có ảnh hưởng đến khu vực này. Chiến tranh thế giới lần hai kết thúc cũng là lúc các nhà nước Đông Nam Á độc lập đầu tiên ra đời và mở đầu cho phong trào giải phóng dân tộc ở Đông Nam Á và thế giới. Đông Nam Á là nơi đầu tiên trong hệ thống thuộc địa thế giới có các quốc gia độc lập, thoát khỏi ách thống trị của thực dân. Ngày 17/8/1945, nước cộng hoà Inđônêxia ra đời, ngày 2/9 chủ tịch Hồ Chí Minh đã đọc tuyên ngôn độc lập khai sinh ra nước Việt Nam dân chủ cộng hoà. Mặc dù ngọn cờ giải phóng dân tộc của hai nước này thuộc hai tổ chức chính trị khác nhau song đều vì mục đích chung là độc lập dân tộc, tự do cho nhân dân. Việc các nước ở Đông Nam á giành được độc lập là nguồn cổ vũ mạnh mẽ cho phong trào cách mạng thế giới. Theo gương các nước Đông Nam Á, vào nửa sau thế kỷ XX, phong trào giải phóng dân tộc ở các nước thuộc địa phát triển như vũ bão, nhiều nước giành được độc lập ở Á, Phi, Mỹ la tinh. Các nước này ngày càng có tiếng nói và vai trò trên trường quốc tế, góp phần quyết định nhiều vấn đề trọng đại của thế giới.

Tuy nhiên, ngay sau khi giành được độc lập, Việt Nam và Inđônêxia lại phải đối phó với sự xâm lược trở lại của các nước thực dân. Cuộc kháng chiến của nhân dân các nước này đã trở thành tâm điểm của mối quan hệ trên thế giới. Năm 1950, Mỹ nhảy vào chiến trường Đông Dương, tham gia vào các cuộc xâm lược của thực dân Hà Lan, thực dân Pháp. Với chính sách giải quyết hoà bình ở Inđônêxia và nỗ lực giúp Pháp giành thắnglợi trong chiến tranh với Việt nam, Mỹ đã gây nên cuộc xung đột sâu sắc giữa hai phe TBCN-XHCN biến Đông Nam á trở thành một điểm nóng. Nằm trong một khu vực sôi động, lại là nước XHCN, Việt Nam trở thành nơi đụng đầu của hai lực lượng quốc tế.

Hiệp định Gienève về Đông Dương được ký kết đã tạo nên rạn nứt trong quan hệ của Đông Nam á. Mỹ đã công khai thành lập liên minh quân sự SEATO ở Đông Nam Á, lôi kéo một số nước trong khu vực trở thành thành viên của liên minh quân sự này. Một số nước dưới danh nghĩa liên minh quân sự SEATO đã đem quân tham chiến trong chiến tranh Đông Dương. Mối quan hệ của các nước Đông Dương với một số nước còn lại của Đông Nam á càng trở nên căng thẳng khi Mỹ tiến hành viện trợ kinh tế cho một số nước trong đó có Thái lan…Như vậy từ năm 1945-1975 qua hai cuộc kháng chiến chống Pháp và chống Mỹ của nhân dân Việt Nam, mối quan hệ của các nước trong khu vực có sự gián đoạn. Bằng những nỗ lực trên mặt trận ngoại giao, Việt Nam và các nước đã dần bình thường hoá quan hệ. Năm 1973 khi Mỹ rút khỏi Việt Nam, hai nước Singapo và Malaysia đặt quan hệ ngoại giao với Việt Nam, năm 1975, chiến tranh ở Việt Nam kết thúc, Mianma, Thái Lan đã đặt quan hệ ngoại giao. Đặc biệt, năm 1964 Indonesia đặt quan hệ ngoại giao với Việt Nam và mối quan hệ này không hề bị gián đoạn mặc dù phải trải qua nhiều sóng gió trong quan hệ khu vực.