Là một Tổng công ty Nhà nước được thành lập từ những năm đầu mở cửa, nay được cổ phần hoá, Tổng công ty VINAFCO đã có bề dày lịch sử trong kinh doanh, đạt được nhiều thành tích trong nhiệm vụ và đạt hiệu quả kinh doanh cao. Nhìn chung công ty có một số ưu điểm sau trong hoạt động của mình.

- Thường xuyên đổi mới bộ máy quản lý. Từ khi mới thành lập và đặc biệt là từ sau khi cổ phần hoá Công ty, nắm bắt được những thay đổi của thị trường cũng như của cơ chế mới, trước những thách thức mới trên thương trường, ban lãnh đạo Công ty thường xuyên đổi mới hoàn thiện cơ cấu tổ chức sao cho phù hợp với đòi hỏi cuat thực tiễn và để đạt được hiệu quả cao nhất.

- Thường xuyên kiểm tra đánh giá, theo sát tình hình hoạt động của các đơn vị thành viên, các chi nhánh để phát hiện, xử lý và không ngừng hoàn thiện những thiếu sót trong hoạt động kinh doanh. Nhằm đạt hiệu quả cao trong kinh doanh.

- Nhanh chóng nắm bắt vận hội mới, đầu tư vào những lĩnh vực mới như khai thác và chế biến khoáng sản, kinh doanh bất động sản.

- Nhận thức được xu thế chung của thời đại, Công ty đã đẩy mạnh việc đổi mới các dây chuyền công nghệ tiên tiến phục vụ sản xuất, nâng cao điều kiện làm việc và năng suất lao động của công nhân, nâng cao hiệu quả kinh doanh.

- Công ty có chính sách đãi ngộ hợp lý đối với người lao động, tạo động lực trong công việc. Vừa đảm bảo lợi ích của người lao động lại góp phần nâng cao hiệu quả kinh doanh.

- Sử dụng có hiệu quả các hình thức huy động vốn

- Đa dạng hoá kinh doanh dựa vào tiềm lực của mình, Công ty đã tự mình tăng thêm cơ hội kinh doanh mang lại lợi nhuận cho mình và tăng đóng góp cho ngân sách Nhà nước.

- Ngành nghề kinh doanh đa dạng nên giảm thiểu được rủi ro. Kinh doanh đa dngj phân cấp cho từng đơn vị nên vẫn đạt được hiệu quả.

- Dịch vụ vận tải vẫn là nòng cốt với đội ngũ tàu biển và hệ thống toa xe chở hoá chất chiếm ưu thế trên thị trường trong nước.

- Đội ngũ quản lý có trình độ, kinh nghiêm, có tinh thần trách nhiệm cao tạo nên một khối thống nhất hoạt động có hiệu quả.