Tổng công ty Lương thực Miền Bắc được thành lập theo Quyết định số 312/TTg ngày 24/5/1995 của Thủ tướng Chính phủ trên cơ sở tổ chức lại các doanh nghiệp thuộc Tổng Công ty Lương thực Trung ương I và các doanh nghiệp Lương thực thuộc cỏc tỉnh từ Thừa Thiờn - Huế trở ra.

Kể từ ngày thành lập, Tổng công ty đó tiếp nhận 64 doanh nghiệp nhà nước. Qua quỏ trỡnh tổ chức, sắp xếp lại đến năm 2002 Tổng cụng ty cú 34 doanh nghiệp thành viên, góp vốn thành lập 2 công ty liên doanh với nước ngoài, cổ phần hoá 03 đơn vị trực thuộc cỏc Cụng ty thành viờn. Sau khi tiếp thu Nghị quyết về tiếp tục sắp xếp, đổi mới, phát triển và nâng cao hiệu quả doanh nghiệp nhà nước của Hội nghị Trung ương lần thứ III, Tổng công ty Lương thực Miền Bắc đó triển khai xõy dựng phương án sắp xếp, điều chỉnh cơ cấu tổ chức, và tổ chức hoạt động của Tổng cụng ty theo hướng thu gọn đầu mối, tích tụ vốn, tập trung cỏc nguồn lực nhằm nõng cao hiệu quả sản xuất kinh doanh, khả năng cạnh tranh, tiếp tục giữ vai trũ chủ đạo, bỡnh ổn về nhu cầu và giỏ cả lương thực trên địa bàn các tỉnh thành phía Bắc. Với những mục tiêu đó, ngày 15/8/2002, Tổng công ty đó trỡnh và được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt "Phương án sắp xếp, củng cố và kiện toàn Tổng công ty đến năm 2005" tại Quyết định số 895/QĐ-TTg ngày 04/10/2002 với nội dung chính là hợp nhất 30 doanh nghiệp ở 30 tỉnh thành, thành 12 doanh nghiệp thành viên hạch toán độc lập có quy mô khu vực.

Tiếp thu tinh thần Nghị quyết khoá IX của Trung ương và Chỉ thị 11/2004/CT-TTg của Thủ tướng Chớnh phủ, Tổng cụng ty nhận thức việc tiếp tục thực hiện Nghị quyết trung ương III, đẩy mạnh sắp xếp và đổi mới doanh nghiệp nhà nước có tầm quan trọng mang tính chiến lược, nên mặc dù mới hoàn thành việc sắp xếp lại theo quyết định số 895/QĐ-TTg, các doanh nghiệp vừa hợp nhất, mới ổn định sản xuất kinh doanh được hơn 1 năm.

Tổng công ty vẫn kiên quyết chỉ đạo tất cả các doanh nghiệp thành viên làm tốt công tác chính trị tư tưởng trong nội bộ, triển khai sắp xếp lại các doanh nghiệp tiến thêm một bước theo các yêu cầu mới của Trung ương, thực hiện việc chuyển đổi để đạt mục đích đa dạng hoá sở hữu. Tháng 5/2004, Tổng công ty xây dựng phương án trỡnh và được Thủ tướng Chính phủ chấp thuận, cho phép tiến hành cổ phần hoá 17 Doanh nghiệp (bao gồm 15 doanh nghiệp thành viên hạch toán độc lập và 2 doanh nghiệp hạch toán phụ thuộc) trong 2 năm 2004 và năm 2005. Đến nay, các đơn vị đó cơ bản hoàn thành việc chuyển sang hoạt động theo mô hỡnh Cụng ty cổ phần (Tổng cụng ty đó cú cụng văn số 503/TCTLTMB-ĐM&PTDN ngày 08/11/2006 gợi ý để các Công ty cổ phần khu vực có thể chia, tách theo địa giới hành chớnh tỉnh).