Để thực hiện được những mục tiêu trên Viện Quy hoạch và thiết kế nông nghiệp có những định hướng sau:

-Quy hoạch phát triển nông nghiệp nông thôn nói chung. Điều chỉnh quy hoạch và cơ cấu sản xuất một số vùng, ngành; đẩy nhanh thực hiện chương trình giống cây, giống con phục vụ chuyển đổi cơ cấu sản xuất hàng nông lâm thuỷ sản. Tiếp tục chuyển bớt diện tích trồng lúa năng suất thấp sang nuôi trồng thuỷ sản và trồng các cây khác có hiệu quả cao hơn, phát triển các loại cây con có tiềm năng có thị trường như bông, ngô, bò sữa, xây dựng cánh đồng giá trị trên 50 triệu đồng/ha, mô hình đạt 50 triệu đồng/năm

-Lập dự án quy hoạch các ngành hàng quan trọng phục vụ xuất khẩu. Nghiên cứu đưa ra những giải pháp trước mắt và lâu dài để phát triển các mặt hàng xuất khẩu quan trọng, tăng cường lợi thế so sánh của nước ta trên thị trường khu vực và thế giới.

-Nghiên cứu bố trí sử dụng đất đai theo quan điểm phát triển bền vững. Thực hiện chương trình công nghiệp hoá, hiện đại hoá, quy hoạch hình thành các vùng nguyên liệu gắn với chế biến, bố trí lại dân cư những nơi cần thiết gắn với phát triển nông nghiệp, xây dựng các công trình thuỷ lợi, mở đường giao thông, xây dựng đô thị, quy hoạch khu công nghiệp, đảm bảo ổn định cuộc sống cho bà con tái định cư, đồng bào các dân tộc, vùng biên giới hải đảo, vùng sâu vùng xa, vùng thường xuyên bị thiên tai…

-Khai thác sử dụng hợp lý tài nguyên nước, khí hậu, sinh vật.

-Nghiên cứu định hướng chuyển dịch cơ cấu nông nghiệp, nông thôn theo hướng sản xuất hàng hoá, công nghiệp hoá, hiện đại hoá.Tiếp tục đẩy nhanh tốc độ chuyển dịch cơ cấu sản xuất nông nghiệp, kinh tế nông thôn theo hướng sản xuất hàng hoá nông sảncó chất lượng và hiệu quả nhằm đạt chỉ tiêu tăng giá trị sản xuất ngành nông nghiệp là 4-4.5%.

-Mở rộng hoạt động chuyển giao tiến bộ kỹ thuật, hướng dẫn bà con nông dân ứng dụng khoa học kỹ thuật vào trong sản xuất nhằm nâng cao năng suất và chất lượng của sản phẩm. Mặt khác không ngừng tiếp thu những tiến bộ công nghệ mới của thế giới.