Ngân hàng nông nghiệp huyện Lâm Thao tiền thân là Chi điếm ngân hàng Nhà nước huyện Lâm Thao, đến năm 1977 ngành Ngân hàng có thông tư số 81/NH cải tiến mô hình tổ chức mới. Tỉnh Vĩnh Phú đã tiến hành tổ chức sát nhập các Huyện với nhau huyện Lâm Thao sát nhập nhập với huyện Phù Ninh thành huyện Phong Châu, trụ sở đóng tại thị trấn Phú Lộc thuộc huyện Phù Ninh cũ. Ngày 26/3/1988 Hội đồng bộ trưởng (nay là Chính Phủ) ban hành Nghị định số 53/HĐBTvề tổ chức bộ máy ngân hàng Nhà nước Việt Nam với mô hình mới. Ngân hàng Nhà nước có quy chế về tổ chức hoạt động, hình thành Hội đồng ngân hàng.

Quyết định số 43/NH - QĐ ngày 17/5/1988 của Tổng giám đốc Ngân hàng Nhà nước về việc ban hành quy chế tổ chức hoạt động Ngân hàng nông nghiệp. Từ việc sắp xếp tổ chức bộ máy hoạt động của mỗi Ngân hàng. ở các huyện tổ chức bộ máy Ngân hàng Nhà nước Huyện thành Ngân hàng phát triển nông nghiệp. Sau 22 năm sát nhập theo quyết định số 59 của Chính Phủ sắp xếp tổ chức bộ máy và chia tách lại địa giới hành chính của các Huyện. Vì vậy đến tháng 10 năm 1999 Ngân hàng nông nghiệp huyện Phong Châu lại chia tách thành hai huyện. Đó là huyện Phù Ninh và huyện Lâm Thao ( Ngân hàng Lâm Thao đóng tại thị trấn Lâm Thao thuộc huyện Lâm Thao).