Trong lịch sử phát triển của mình, triết học luôn được gắn liền với khoa học tự nhiên. Thời kỳ cổ đại, triết học thường được đồng nhất với các khoa học nhà thông thái.

Các khoa học tự nhiên, trong quá trình phát triển dần dần tách khỏi và trở nên độc lập với triết học. Tuy nhiên giữa chúng vẫn có mối quan hệ chặt chẽ với nhau. Thứ nhất, mỗi một thành tựu của khoa học tự nhiên lại là một minh chứng hùng hồn đối với sự đúng đắn của các học thuyết triết học duy vật tiến bộ (như thuyết tương đối, cơ học lượng tử, cấu tạo của vật chất và sự sống, nguồn gốc và triết học của sự sống, của vị trí, sự toán học hóa logic cổ điển và phi cổ điển, cách mạng thông tin, các khoa học về tư duy, các khoa học xã hội). Nhưng bên cạnh đó những thành tựu của khoa học tự nhiên đôi khi cũng dẫn đến một sự khủng hoảng của triết học, khi mà khoa học khám phá ra những kiến thức mới trái ngược với những nhận thức đó, triết học duy tâm đã lợi dụng điều này để chống lại triết học duy vật và củng cố cho hệ thống lý thuyết sai lầm của mình.

Thứ hai, những lý thuyết của các hệ thống triết học lại là những gợi ý cho khoa học trên con đường khám phá thế giới và củng cố cho khoa học phương pháp nghiên cứu để khám phá bản chất của đối tượng.

Như vậy sinh vật học với tư cách là một bộ phận của khoa học tự nhiên cũng đã có những đóng góp vào sự phát triển của triết học. Học thuyết tiến hóa của Đacuyn và thuyết tế bào đã được C. Mác đánh giá là hai trong ba phát hiện cơ bản nhất của khoa học tự nhiên ở thế kỷ mười chín, đã có ảnh hưởng lớn tới việc hình thành triết học duy vật biện chứng (phát hiện còn lại là thuyết bảo tồn năng lượng). Đó là chưa kể đến sự ra đời của thuyết phân tử AND về cơ chế di truyền. Đây là một cuộc cách mạng lớn trong sinh học nó cho ta hiểu biết sâu sắc về sự sống, nó giải thích được cơ chế biến dị trong thuyết tiến hóa trên đây và từ đó đem lại rất nhiều ứng dụng quan trọng trong y học, nông nghiệp ...