MS-DOS là hệ điều hành đơn nhiệm. Tại mỗi thời điểm chỉ thực hiện một thao tác duy nhất. Nói một cách khác, MS-DOS chỉ cho phép chạy một ứng dụng duy nhất tại mỗi thời điểm. Điều này khác hẳn với Windows, vốn là một hệ điều hành đa nhiệm (multi-tasking) - người dùng có thể thi hành nhiều ứng dụng cùng một lúc. Mặc dù vậy, về sau người ta đã thiết kế một số ứng dụng chạy thường trú (TSR, Terminate and Stay Resident) cho MS-DOS. Các ứng dụng này có thể chạy trên nền của các ứng dụng khác, khiến người sử dụng có thể thực hiện nhiều thao tác cùng lúc. Ở Việt Nam, phần mềm chạy thường trú trên MS-DOS rất phổ biến là một chương trình hỗ trợ gõ tiếng Việt, VietRes.Một số môi trường làm việc đa nhiệm (multi-tasking environment) như Deskmate hay Desqview đã được thiết kế để chạy trên DOS....