DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT --------------------------------------------------------- iii

DANH MỤC CÁC BẢNG --------------------------------------------------------------------- iv

DANH MỤC CÁC HÌNH ----------------------------------------------------------------------- v

ĐẶT VẤN ĐỀ ------------------------------------------------------------------------------------ 1

1. TỔNG QUAN ------------------------------------------------------------------------------ 3

1.1 Thông đỏ Lâm Đồng - Taxus wallichiana Zucc. (Himalayan Yew) ------------------------------------ 3

1.1.1 Đặc điểm sinh học----------------------------------------------------------------------------------------- 3

1.1.1.1 Đặc điểm hình thái ------------------------------------------------------------------------------- 3

1.1.1.2 Đặc điểm tái sinh --------------------------------------------------------------------------------- 3

1.1.1.3 Điều kiện sinh thái ------------------------------------------------------------------------------- 4

1.1.2 Phân bố ------------------------------------------------------------------------------------------------------ 4

1.1.3 Hệ thống phân loại --------------------------------------------------------------------------------------- 5

1.1.4 Giá trị sử dụng --------------------------------------------------------------------------------------------- 6

1.1.5 Vấn đề bảo tồn và nhân giống thông đỏ tại Việt Nam--------------------------------------------- 7

1.2 DNA lục lạp (cpDNA) ở thực vật ------------------------------------------------------------------------------ 9

1.2.1 Bộ gen lục lạp --------------------------------------------------------------------------------------------- 9

1.2.2 Vùng giữa hai gen trnL-trnF trong nghiên cứu di truyền quần thể ----------------------------10

1.3 Sự đa dạng di truyền ---------------------------------------------------------------------------------------------10

1.3.1 Biến dị di truyền và cấu trúc di truyền ---------------------------------------------------------------11

1.3.2 Dòng chảy của gen ---------------------------------------------------------------------------------------12

1.3.3 Đặc điểm của các loài cây rừng -----------------------------------------------------------------------12

1.3.4 Ý nghĩa của sự đa dạng di truyền ---------------------------------------------------------------------13

1.4 Marker phân tử trong nghiên cứu sự đa dạng di truyền---------------------------------------------------14

1.4.1 RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) marker ----------------------------------------15

1.4.2 RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) marker-----------------------------------16

1.4.3 AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) marker -----------------------------------17

1.4.4 SSR (Microsatellite hay Simple Sequence Repeat) marker -------------------------------------17

2. VẬT LIỆU & PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU------------------------------------- 19

2.1 Vật liệu, hóa chất & trang thiết bị-----------------------------------------------------------------------------19

2.1.1 Vật liệu nghiên cứu --------------------------------------------------------------------------------------19

2.1.2 Dụng cụ & thiết bị cơ bản dùng trong nghiên cứu:------------------------------------------------19

-ii-

2.1.2.1 Dụng cụ-------------------------------------------------------------------------------------------------19

2.1.2.2 Thiết bị -------------------------------------------------------------------------------------------------19

2.2 Phương pháp -------------------------------------------------------------------------------------------------------21

2.2.1 Chiết tách và tinh sạch DNA---------------------------------------------------------------------------21

2.2.2 Phân tích mối quan hệ di truyền giữa các mẫu bằng phương pháp RAPD (Random

Amplified Polymorphic DNA)-------------------------------------------------------------------------------------22

2.2.2.1 Phản ứng RAPD-PCR---------------------------------------------------------------------------22

2.2.2.2 Phân tích kết quả đa hình từ RAPD-PCR---------------------------------------------------24

2.2.3 Phân tích mối quan hệ di truyền giữa các mẫu bằng phương pháp RFLP-PCR vùng giữa

hai gen trnL-trnF của DNA lục lạp -------------------------------------------------------------------------------24

2.2.3.1 Phản ứng PCR khuyếch đại vùng trnL-trnF lục lạp --------------------------------------24

2.2.3.2 Quy trình tinh sạch sản phẩm PCR -----------------------------------------------------------26

2.2.3.3 Phản ứng cắt với enzyme cắt giới hạn – RFLP --------------------------------------------26

2.2.3.4 Giải trình tự đoạn giữa hai gen trnL-trnF---------------------------------------------------28

3. KẾT QUẢ & BÀN LUẬN -------------------------------------------------------------- 29

3.1 Đa dạng di truyền thông đỏ Lâm Đồng qua khảo sát bằng kỹ thuật RAPD--------------------------29

3.1.1 Kết quả đa hình thu được sau phản ứng RAPD-PCR---------------------------------------------29

3.1.1.1 Sàng lọc mồi --------------------------------------------------------------------------------------29

3.1.1.2 Kết quả khuyếch đại DNA với mồi ngẫu nhiên -------------------------------------------29

3.1.2 Tương quan di truyền giữa các mẫu khảo sát dựa trên hệ số tương ứng đơn giản (SM

coefficient) -------------------------------------------------------------------------------------------------------------35

3.1.3 Phân nhóm di truyền các mẫu thông đỏ khảo sát --------------------------------------------------36

3.1.4 Tính đa dạng và cấu trúc di truyền của các quần thể được khảo sát ---------------------------39

3.2 Đa dạng di truyền của thông đỏ Lâm Đồng qua khảo sát bằng kỹ thuật RFLP-PCR trên vùng

trnL-trnF của DNA lục lạp (cpDNA)---------------------------------------------------------------------------------40

3.2.1 Kết quả PCR-RFLP vùng giữa hai gen trnL-trnF -------------------------------------------------40

3.2.2 Trình tự vùng giữa hai gen trnL-trnF của DNA lục lạp thông đỏ------------------------------41

4. KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ ------------------------------------------------------------- 46

4.1 Kết luận -------------------------------------------------------------------------------------------------------------46

4.2 Đề nghị--------------------------------------------------------------------------------------------------------------47

TÀI LIỆU THAM KHẢO -----------------------------------------------------------------------