Nhà máy Thuỷ điện Vĩnh Sơn – Sông Hinh tiền thân là Nhà máy Thuỷ điện Vĩnh Sơn trực thuộc Công ty Điện Lực III, được khởi công xây dựng vào ngày 15/9/1991. Nhà máy chính thức đưa vào sản xuất và hòa lưới điện quốc gia vào ngày 04/12/1994. Với công suất 66MW và sản lượng điện hàng năm 230 triệu KWh, Nhà máy Thuỷ điện Vĩnh Sơn là nhà máy thuỷ điện có quy mô lớn đầu tiên ở miền Trung và Tây Nguyên, góp phần giải quyết nhu cầu về điện cho vùng lõm và ổn định chất lượng điện cho hệ thống điện quốc gia.

Năm 1999, để nâng cao hiệu quả quản lý hệ thống điện và tận dụng kinh nghiệm tích luỹ trong quản lý vận hành nhà máy điện của đội ngũ quản lý của Nhà máy Vĩnh Sơn, Tổng Công ty Điện lực Việt Nam đã giao nhiệm vụ cho Nhà máy Thuỷ điện Vĩnh Sơn quản lý và vận hành dự án Nhà máy Thuỷ điện Sông Hinh với công suất 70MW, sản lượng điện hàng năm 370 triệu kWh. Từ tháng 7 năm 2000, Nhà máy Thuỷ điện Vĩnh Sơn được đổi tên thành Nhà máy Thuỷ điện Vĩnh Sơn – Sông Hinh.

Tháng 11 năm 2003, theo Quyết định 219/QĐ-TTg ngày 28/10/2003 của Thủ tướng Chính phủ về việc phê duyệt Phương án tổng thể sắp xếp đổi mới doanh nghiệp Nhà nước thuộc Tổng Công ty Điện lực Việt Nam giai đoạn 2003 – 2005 và Quyết định số 2992/QĐ-TCCB của Bộ Công nghiệp về việc cổ phần hoá Nhà máy Thuỷ điện Vĩnh Sơn – Sông Hinh, Nhà máy Thuỷ điện Vĩnh Sơn-Sông Hinh có nhiệm vụ thực hiện cổ phần hoá trong năm 2004. Ngày 02/12/2004, Bộ Công nghiệp ra Quyết định số 151/2004/QĐ-BCN về việc chuyển Nhà máy Thuỷ điện Vĩnh Sơn- Sông Hinh thành Công ty Cổ phần Thuỷ điện Vĩnh Sơn- Sông Hinh. Đây là một bước chuyển quan trọng trong quá trình hoạt động của Nhà máy.

Ngày 4/5/2005, Nhà máy chính thức chuyển sang hoạt động dưới hình thức công ty cổ phần với tên mới Công ty Cổ phần Thủy điện Vĩnh Sơn – Sông Hinh, Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh số 3503000058 do Sở kế hoạch và Đầu tư tỉnh Bình Định cấp ngày 04/05/2005.

Ngày 14/07/2005, Công ty Cổ phần Thủy điện Vĩnh Sơn – Sông Hinh chính thức được cấp phép đăng ký giao dịch trên Trung tâm giao dịch chứng khoán Hà Nội