Đối với tác phẩm bonsai, rễ còn là yếu tố làm tăng thêm vẻ đẹp, cũng như tạo cảm giác già cỗi (nhất là rễ lồi trên mặt đất). Do đó một cây bonsai hoàn chỉnh phải có một bộ rễ hoàn chỉnh, không thể khiếm khuyết. Tuy nhiên trong thực tế không phải cây nào cũng được hoàn thiện. Để khắc phục, người ta đã sử dụng phương pháp ghép rễ. Nói chung tất cả các chủng loại cây dùng làm bonsai đều có thể ghép rễ, thí dụ: cần thăng, mai chiếu thủy, gừa, sanh, si, sộp v.v... miễn là chúng cùng loài với nhau.Rễ là thành phần không thể thiếu của thực vật. Rễ hút nước và muối khoáng để nuôi cây và phát triển.Đồng thời rễ còn làm cho cây đứng vững trên mặt đất.Đối với tác phẩm bonsai, rễ còn là yếu tố làm tăng thêm vẻ đẹp, cũng như tạo cảm giác già cỗi...