Trong năm thứ ba, Harry bỗng trở thành mục tiêu săn đuổi của Sirius Black, một tên phù thủy tàn ác, được cho là môn đồ của Voldemort, đã trốn khỏi ngục Azkaban - nơi giam giữ phù thủy phạm tội. Đảm nhiệm việc truy đuổi Sirius là những sinh vật khoác áo choàng khủng khiếp được gọi là những Giám ngục Azkaban. Vì sự nguy hiểm đó, Harry phải trở về trường Hogwarts. Và vì không có giấy phép của người giám hộ nên cậu không thể cùng các bạn mình ra ngoài ngôi làng phù thủy Hogsmeade. Fred và George Weasley đã đưa cho cậu tấm Bản đồ Đạo tặc, một món đồ dùng phép thuật cho phép người xem thấy những lối đi bí mật trong và ngoài Hogwarts cũng như thấy được đường đi nước bước của những ngươi có mặt tại trường.

Harry đã dùng tấm Áo choàng Tàng hình, đi qua lối đi bí mật để đến làng Hogsmeade. Vào ngày lễ Giáng sinh, Harry nhận được một chiếc chổi đua Tia Chớp (Firebolt) từ một người vô danh sau khi chiếc chổi Nimbus 2000 của cậu bị Cây Liễu gai phá hủy trong trận Quidditch. Nghi ngờ rằng vật này do Sirius gửi đến, Hermione Granger đã thông báo việc này cho giáo sư Minerva McGonagall để kiểm tra lại. Harry đã nghe lén được rằng Sirius Black chính là cha đỡ đầu của Harry và là người bạn thân nhất của cha cậu, James Potter. Ông ta bị cho là người đã phản bội cha mẹ cậu, tiết lộ bí mật cho Chúa tể Voldemort đồng thời thủ tiêu một người trong nhóm bạn cũ là Peter Pettigrew và mười hai người dân Muggle khác. Biết được điều đó, Harry vô cùng căm hận Sirius Black. Cậu đã thề phải tìm và giết cho bằng được ông ta, chỉ vì cậu không biết được sự thật của toàn bộ câu chuyện này. Chính Peter Pettigrew mới thật sự là người giữ bí mật và phản bội cha mẹ cậu, sau đó đổ mọi tội lỗi lên Sirius. Sau khi biết rõ toàn bộ sự thật và trải qua một quá trình chiến đầu bên cạnh nhau, hai chú cháu đã nhận mặt và Harry đưa cho người cha đỡ đầu con bằng mã Buckbeak để đi lánh nạn.