Năm 1969, Nixon lên làm Tổng thống Mỹ, kế hoạch "Việt Nam hóa chiến tranh" mà các nhóm nghiên cứu đã chuẩn bị từ năm 1968 được Nixon chấp nhận trên căn bản. Ông Ẩn đã có được một bản dự thảo kế hoạch. Ông đã tiến hành xác minh rất công phu, sau khi biết chắc chắn đó chính là tài liệu về căn bản đã được Nixon duyệt ông mới gửi về trên.

Năm 1966 nhật báo New York Herald Tribune bên Mỹ phải đóng cửa. Nữ ký giả Berverly Deepe và ông Ẩn có một thời gian cộng tác cho một số tờ báo, cho Hãng truyền hình NBC, sau đó làm chính thức cho tờ Christian Science Monitor. Đây cũng là một tờ báo có uy tín của Mỹ.

Lúc này đồng thời với việc đưa quân vào miền Nam, người Mỹ đã gạt tướng Nguyễn Khánh, gạt luôn các ông Phan Khắc Sửu và Phan Huy Quát, tạo điều kiện cho các tướng Nguyễn Văn Thiệu - Nguyễn Cao Kỳ dùng quân đội nắm chính quyền, tiếp tay cho quân đội Mỹ tiến hành các chiến dịch "tìm diệt" và "bình định". Từ đây nội bộ chính quyền Sài Gòn tuy vẫn còn mâu thuẫn đấu đá nhau, nhưng không còn xảy ra đảo chính, vì người Mỹ đã "chọn được" Nguyễn Văn Thiệu.

Phạm Xuân Ẩn tiếp tục thắt chặt quan hệ sâu hơn, rộng hơn với giới chức có thế lực Mỹ và chính quyền, quân đội Sài Gòn. Lúc này ngoài Phạm Xuân Ẩn, nhiều lưới tình báo chiến lược khác cũng phát huy hiệu lực, tin tức các lưới bổ sung cho nhau, phục vụ một cách toàn diện yêu cầu của kháng chiến.

Cuộc phản công chiến lược mùa khô 1965-1966 của Mỹ thất bại. Mùa khô 1966-1967, Mỹ huy động 20 sư đoàn, 10 lữ đoàn và trung đoàn cùng 4.000 máy bay, 2.500 xe bọc thép, 2.540 khẩu pháo, 500 tàu chiến lớn nhỏ mở cuộc phản công chiến lược lần thứ hai quy mô lớn hơn với 895 cuộc hành quân càn quét (nhiều gấp đôi cuộc phản công lần trước). Cuộc phản công tập trung chủ yếu vào chiến trường Đông Nam Bộ với mưu đồ tiêu diệt các cơ quan đầu não của quân giải phóng, trong đó lớn nhất là cuộc hành quân Junction City với 45.000 quân tham chiến đánh đi đánh lại chiến khu Dương Minh Châu (bắc Tây Ninh) và tam giác sắt Củ Chi suốt hơn 50 ngày. Cuộc phản công chiến lược này cũng thất bại.

Về phía quân giải phóng, đến cuối năm 1967 bộ đội chủ lực có 7 sư đoàn, 15 trung đoàn, 50 tiểu đoàn độc lập, bộ đội địa phương có 55 tiểu đoàn, 17 đại đội, 144 trung đội độc lập cùng 300.000 dân quân du kích. Lực lượng này kết hợp với phong trào đấu tranh chính trị của nhân dân đã bẻ gãy hai cuộc phản công chiến lược của Mỹ, tạo thế trận vững chắc cho cuộc tổng tấn công và nổi dậy lịch sử Tết Mậu Thân 1968.

Những năm 1966, 1967, 1968 công việc của Phạm Xuân Ẩn rất căng thẳng. Lúc này ông không chỉ cung cấp tin tức tình báo chiến lược mà còn cung cấp các tin tức chiến dịch, những điều tra cụ thể phục vụ chiến đấu. Liên lạc mỗi tháng tăng lên đến 4-5 lần.

Trong cuộc tổng tấn công Mậu Thân, cả đợt 1 và đợt 2, ông đều cung cấp những tin tức về diễn biến ở mặt trận và tình hình nội bộ của đối phương.