Đầu những năm 1990, tín dụng ưu đãi của Nhà nước do Ngân hàng Kiến thiết (thuộc Bộ Tài Chính) thực hiện. Sau đó, khi Chính phủ thành lập Ngân hàng Đầu tư và Xây dựng (tiền thân của Ngân hàng Đầu tư và phát triển hiện nay) thì hoạt động cấp phát vốn đầu tư xây dựng cơ bản được chuyển cho tổ chức tài chính này. Năm 1995, khi Ngân hàng Đầu tư và Xây dựng chuyển sang hoạt động với vai trò là một ngân hàng thương mại thì việc tiếp nhận vốn ngân sách nhà nước và cho vay đầu tư phát triển kinh tế được chuyển sang cho Tổng Cục đầu tư phát triển trực thuộc Bộ Tài chính. Trên thực tế, trong thời gian này, vốn tín dụng đầu tư phát triển của Nhà nước do hai cơ quan là Tổng Cục đầu tư phát triển và Ngân hàng Đầu tư và phát triển song song quản lý và cấp phát.

Ngày 12/8/1995, Quỹ Hỗ trợ đầu tư quốc gia được thành lập để huy động vốn và cho vay đối với các dự án đầu tư phát triển theo ngành, nghề thuộc diện ưu đãi và những vùng khó khăn theo quy định của Chính phủ. Quỹ hỗ trợ đầu tư quốc gia hoạt động dưới sự quản lý và kiểm soát của Tổng Cục đầu tư phát triển và Bộ Tài Chính.

Vào thời điểm cuối năm 1999, nhận thấy có nhiều tổ chức cùng thực hiện công tác quản lý vốn đầu tư phát triển và theo dõi các dự án đầu tư phát triển của Nhà nước, quản lý vốn vay nợ và viện trợ nước ngoài làm giảm tính hiệu quả của các nguồn vốn này, Chính phủ đã chỉ đạo Bộ Tài Chính phối hợp với các cơ quan có liên quan để xây dựng đề án thành lập một tổ chức tài chính nhà nước chuyên hoạt động trong lĩnh vực cho vay và quản lý thu hồi vốn tín dụng đầu tư phát triển, tập trung các nguồn vốn, các chương trình tín dụng ưu đãi của Nhà nước về một đầu mối. Đáp ứng các yêu cầu đó, Quỹ Hỗ trợ phát triển đã được thành lập theo Nghị định 50/1999/NĐ-CP ngày 8/7/1999 và Quyết định 231/1999/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ và chính thức đi vào hoạt động từ 01/01/2000. Trong giai đoạn 2001 - 2005, ngoài việc thực hiện chính sách tín dụng đầu tư phát triển của Nhà nước, Quỹ Hỗ trợ phát triển còn thực hiện chính sách tín dụng hỗ trợ xuất khẩu trung và dài hạn (theo Nghị định số 43/1999/NĐ-CP ngày 29/6/1999 và Nghị định số 106/2004/NĐ-CP ngày 01/04/2004 của Chính phủ về tín dụng đầu tư phát triển của Nhà nước) và chính sách tín dụng hỗ trợ xuất khẩu ngắn hạn (theo Quyết định số 133/2001/QĐ-TTg ngày 10/9/2001 của Thủ tướng Chính phủ về việc ban hành Quy chế tín dụng hỗ trợ xuất khẩu). Tuy vậy, chính sách tín dụng hỗ trợ xuất khẩu trong giai đoạn này mới chủ yếu tập trung vào hoạt động hỗ trợ dưới hình thức cho vay dự án và cho vay ngắn hạn. Hoạt động phổ thông và cơ bản của một tổ chức thực hiện chính sách tín dụng xuất khẩu của Nhà nước như cho vay nhà nhập khẩu, bảo lãnh tín dụng xuất khẩu, bảo lãnh dự thầu, bảo lãnh thực hiện hợp đồng hay bảo hiểm tín dụng xuất khẩu chưa được triển khai.