[FONT=Times New Roman]

MỤC LỤC

MỞ ĐẦU .................................................. .................................................. ................1

CHƯƠNG 1 - TỔNG QUAN.............................................. ......................................2

1.1. Đối tượng nghiên cứu............................................. ........................................2

1.1.1. Acetylcholinesterase .................................................. ..............................2

1.1.2. Đặc điểm xúc tác .................................................. ....................................7

1.2. Phương pháp nghiên cứu............................................. ..................................9

1.2.1. Protein docking .................................................. ......................................9

1.2.2. Phương pháp phiếm hàm mật độ............................................. ............13

1.2.3. Cơ học phân tử.............................................. .........................................20

1.2.4. Kết hợp phương pháp cơ học lượng tử-cơ học phân tử.....................24

CHƯƠNG 2. NGUỒN DỮ LIỆU VÀ CÔNG CỤ TÍNH TOÁN ........................27

2.1. Nguồn dữ liệu............................................ .................................................. ..27

2.2. AutoDock 4.2 và AutoDockTools 1.5.4 .................................................. .....30

2.3. AutoDock Vina 1.1.1 .................................................. ..................................33

2.4. Gaussian 03W và GaussView 3.0 .................................................. ..............33

CHƯƠNG 3. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN .................................................. .......36

3.1. Protein docking .................................................. ...........................................36

3.2. Áp dụng phương pháp QM/MM đối với hệ phản ứng..............................43

3.2.1. Cấu trúc enzyme .................................................. ..................................43

3.2.2. Cơ chất trong hốc phản ứng ở trạng thái chưa liên kết .....................46

3.2.3. Cấu trúc phức enzyme-cơ chất............................................ .................50

3.2.4. Cấu trúc sản phẩm............................................ .....................................53

KẾT LUẬN .................................................. .................................................. ..........56

TÀI LIỆU THAM KHẢO .................................................. ....................................58

PHỤ LỤC .................................................. .................................................. .............60